จุลินทรีย์ที่มีบทบาทในกองปุ๋ยหมัก มีหลายประเภท ประกอบด้วยเชื้อรา แบคทีเรีย และ แอคติโนมัยซิท ซึ่งเป็นจุลินทรีย์ที่มีประสิทธิภาพสูงในการย่อยสลายวัสดุอินทรีย์ บทบาทของจุลินทรีย์ในกองปุ๋ยหมักมีดังนี้

1.) เชื้อรา (Fungi) ในกองปุ๋ยหมักจะพบเชื้อราอยู่เสมอ ชนิดและปริมาณของเชื้อราจะขึ้นอยู่กับวัสดุที่นำมาใช้ทำปุ๋ยหมัก ความชื้น และอุณหภูมิในกองปุ๋ยหมัก เชื้อราจะเจริญได้ดีในระยะแรกของการหมักปุ๋ย เนื่องจากในระยะแรกของการหมัก กองปุ๋ยหมักจะมีอุณหภูมิที่ไม่สูงมากนัก เพราะถ้ากองปุ๋ยหมักมีอุณหภูมิเพิ่มขึ้นและความชื้นสูง ก็จะเป็นสภาพที่เหมาะสมต่อการเจริญของแบคทีเรียมากกว่าเชื้อรา ดังนั้นจึงมักพบเชื้อราเจริญอยู่บริเวณผิวนอกของกองปุ๋ยหมักซึ่งมีอุณหภูมิและความชื้นต่ำกว่าภายในกองปุ๋ยหมัก แต่เมื่อกองปุ๋ยหมักมีอุณหภูมิสูงขึ้นถึง 65 องศาเซลเซียส จะไม่พบเชื้อรา แต่ถ้าอยู่ในสภาพแห้งที่อุณหภูมิ 65 องศาเซลเซียส เชื้อรายังสามารถเจริญอยู่ได้

เชื้อรามีบทบาทในการย่อยสลายเศษวัสดุในกองปุ๋ยหมักให้มีขนาดเล็กลงในระยะแรกของการหมักในกองปุ๋ยหมัก ซึ่งอุณหภูมิภายในกองปุ๋ยหมักยังไม่สูงมากนักจะพบเชื้อราพวก Geotrichum candidium และ Aspergillus fumigatus เมื่ออุณหภูมิสูงถึง 45-55 องศาเซลเซียส มักจะตรวจพบเชื้อราพวก Cladosporium sp., Aspergillus sp. และ Mucor sp. เมื่ออุณหภูมิสูงกว่านี้อาจจะพบเชื้อราพวก Penicilium duponti แต่ชนิดของเชื้อราดังกล่าวที่พบนี้อาจจะแตกต่างกันไป ขึ้นอยู่กับสภาพแวดล้อมและวัสดุที่นำมาใช้ทำปุ๋ยหมัก

2.) แบคทีเรีย (Bacteria) เป็นจุลินทรีย์ที่พบมากที่สุดในกองปุ๋ยหมัก ประมาณ 80-90% ของจำนวนจุลินทรีย์ทั้งหมดที่พบในกองปุ๋ยหมัก ประมาณทั้งหมดที่พบในกองปุ๋ยหมักมีค่าประมาณ 2.3x108 เซลล์ต่อกรัม ขึ้นอยู่กับวัสดุที่นำมาใช้ทำปุ๋ยหมัก
แบคทีเรียมีบทบาทสำคัญในกระบวนการย่อยสลายและเกิดความร้อนในกองปุ๋ยหมัก ในระยะแรกของการหมักอุณหภูมิภายในกองปุ๋ยหมักจะไม่สูงมากนัก แบคทีเรียส่วนใหญ่ที่พบมากจะเป็นพวก Bacillus sp., Pseudomonas sp., Cellulomonas sp., Flavobacterium sp., Micrococcus sp. และ Achromobacter sp.ระยะต่อมาของการหมักกองปุ๋ยหมักจะมีอุณหภูมิภายในกองสูงมากขึ้น ในช่วงอุณหภูมิ 50-55 องศาเซลเซียส แบคทีเรียที่เจริญได้ดีจะเป็นพวก Bacillus subtilis และ Bacillus stearothermophilus ในช่วงที่อุณหภูมิภายในกองปุ๋ยหมักสูงขึ้น ในบางกรณีอาจสูงถึง 65-70 องศาเซลเซียส แบคทีเรียที่เจริญได้และสามารถทนความร้อนสูงได้แก่ พวก Thermus sp. ที่สามารถเจริญได้ในช่วงอุณหภูมิ 70 องศาเซลเซียส และพวก Bacillus sp. ที่สามารถสร้างสปอร์ได้ นอกจากนี้ยังพบแบคทีเรียที่สามารถสร้างสปอร์ด้เช่นกัน แต่เจริญในสภาพที่ไม่มีออกซิเจน ได้แก่ Clostridium sp.

3.) แอคติโนมัยซิท (Actinomycetes) แอคติโนมัยซิทจะมีอัตราการเจริญเติบโตช้ากว่าเชื้อราและแบคทีเรีย เจริญได้ดีในสภาพที่มีอากาศพอเพียง เป็นจุลินทรีย์ที่ต้องการออกซิเจนในการเจริญเติบโต สามารถเจริญเติบโตได้ดีที่อุณหภูมิ 65-75 องศาเซลเซียส เมื่ออุณหภูมิสูงเกินกว่า 75 องศาเซลเซียส มักจะไม่พบเชื้อแอคติโนมัยซิท ลักษณะของเชื้อที่พบบนกองปุ๋ยหมักจะเจริญเป็นกลุ่ม เห็นเป็นจุดสีขาวคล้ายๆ ผงปูน หลังจากอุณหภูมิสุงขึ้นจนสูงมาก

เชื้อแอคติโนมัยซิท มีบทบาทสำคัญในการย่อยสลายอินทรียสาร เช่น เซลลูโลส ลิกนิน ไคติน และโปรตีน ที่มีอยู่ในกองปุ๋ยหมักขณะที่อุณหภูมิสูง โดยเชื้อแอคติโนมัยซิทที่มักพบเสมอในกองปุ๋ยหมัก ได้แก่ พวก Thermoactionalmyces sp. และ Thermomonospora sp. ซึ่งเป็นพวกที่สามารถผลิตเอ็นไซม์เซลลูเลสออกมาย่อยเซลลูโลสได้อย่างมีประสิทธิภาพและอาจพบ Streptomyces sp. และ Micropolyspora sp. ในกองปุ๋ยได้เช่นกัน

จุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องกับการละลายฟอสเฟต
 

http://www.oknation.net/blog/kontan/2008/02/02/entry-1